Explore o docking molecular antimalárico com o Plasmodocking
O Plasmodocking executa virtual screening N×N — cada ligante enviado é testado por docking molecular contra todos os alvos validados do Plasmodium, acelerado por GPU com o AutoDock-GPU. Mais compostos, mais alvos, em uma fração do tempo.
Uma plataforma antimalárica de triagem virtual
A malária mata centenas de milhares de pessoas por ano e o parasita desenvolve resistência aos fármacos existentes. O Plasmodocking acelera a busca por novos candidatos: você envia uma biblioteca de compostos e a plataforma faz o docking de cada um contra todos os alvos proteicos validados do Plasmodium, ranqueando os mais promissores por afinidade de ligação.
Foco antimalárico
Os alvos são enzimas essenciais do P. falciparum e do P. vivax — as duas espécies responsáveis pelos casos mais graves da doença.
Triagem N×N completa
Todo ligante é ancorado contra cada alvo do banco. Nada fica de fora — a matriz inteira de pares ligante–receptor é avaliada.
Acelerado por GPU
O AutoDock-GPU executa o docking em paralelo na placa gráfica, tornando viável triar milhares de compostos contra dezenas de alvos.
Vantagens do AutoDock-GPU
O AutoDock-GPU oferece um aumento significativo na velocidade de cálculo do docking molecular, permitindo análises mais rápidas e a triagem virtual de milhares de compostos, ideal para estudos de larga escala.
Técnicas de otimização
Utilizando técnicas avançadas de busca e otimização, como algoritmos genéticos e busca local baseada em gradientes, o AutoDock-GPU maximiza a eficiência na identificação de poses ligante-proteína de alta afinidade.
Decomposição do sistema proteína–ligante nos estados unbound e bound — base do cálculo da energia livre de ligação ΔG.
SANTOS-MARTINS, Diogo et al. Accelerating AutoDock4 with GPUs and gradient-based local search. Journal of Chemical Theory and Computation, v. 17, n. 2, p. 1060–1073, 2021.
Ciência aberta contra a malária
Desenvolvido em parceria entre universidade e institutos de pesquisa, o Plasmodocking coloca o poder do docking molecular acelerado por GPU nas mãos de pesquisadores — facilitando estudos de descoberta de fármacos contra as formas mais perigosas da malária, causadas pelo Plasmodium falciparum e pelo Plasmodium vivax.
Da biblioteca de compostos ao ranking de candidatos — em quatro fases.
Avanços em docking molecular
A plataforma Plasmodocking amplifica o potencial de identificação de novos medicamentos, oferecendo uma abordagem inovadora para a experimentação com docking molecular.
Análise acelerada de interações moleculares
O Plasmodocking proporciona uma análise acelerada e detalhada das interações entre ligantes e alvos moleculares, disponibilizando uma avaliação mais abrangente e eficiente dos resultados.
Estratégia aprimorada de virtual screening
A plataforma conduz um screening virtual, explorando interações moleculares para a identificação ágil e efetiva de compostos com potencial antimalárico.
Seleção criteriosa de candidatos a fármacos
O Plasmodocking avalia rigorosamente cada ligante, utilizando uma extensa biblioteca de compostos para identificar as interações mais promissoras no combate ao Plasmodium.
Seleção e preparação de macromoléculas alvo
O Plasmodocking conta com um banco de dados de macromoléculas alvo previamente selecionadas, preparadas e padronizadas. Essas macromoléculas são enzimas conhecidas do Plasmodium falciparum e do Plasmodium vivax. Elas são utilizadas nos processos de docking contra cada ligante enviado, facilitando o virtual screening com base na espécie de Plasmodium selecionada pelo usuário.
Padronização dos alvos
Cada alvo selecionado passou por um processo de padronização, no qual o redocking foi aplicado para validação. Esse processo incluiu a preparação do receptor e a definição dos parâmetros de coordenadas e tamanho da gridbox, replicando a posição original do ligante cristalizado. Foram gerados os maps de "ligand types" e realizados testes finais de docking para salvar as informações, a serem usadas nas etapas posteriores.