Explore Docking Molecular contra Plasmodium com o Plasmodocking
Uma maneira fácil e rápida de implementar um experimento de docking molecular usando o AutoDockGPU, otimizado para acelerar o processo de docking contra múltiplos alvos.
Vantagens do AutoDockGPU
O AutoDockGPU oferece um aumento significativo na velocidade de cálculo do docking molecular, permitindo análises mais rápidas e triagem virtual de milhares de compostos, ideal para estudos de larga escala.
Técnicas de Otimização
Utilizando técnicas avançadas de busca e otimização, como algoritmos genéticos e busca local baseada em gradientes, o AutoDockGPU maximiza a eficiência na identificação de configurações de ligante-proteína com alta afinidade.
Fonte:
SANTOS-MARTINS, Diogo et al. Accelerating AutoDock4 with GPUs and gradient-based local search. Journal of chemical theory and computation, v. 17, n. 2, p. 1060-1073, 2021.
Manual:User Guide
Fórmulas utilizadas em docking molecular
Projeto Plasmodocking
Plasmodocking é uma revolução na pesquisa de malária, facilitando estudos avançados de docking molecular para desenvolver possíveis novos fármacos contra as formas mais perigosas da doença causadas pelo Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax.
Avanços em Docking Molecular
A plataforma Plasmodocking amplifica o potencial de identificação de novos medicamentos, oferecendo uma abordagem inovadora para experimentação com docking molecular.
Análise Acelerada de Interações Moleculares
Plasmodocking proporciona uma análise acelerada, detalhada das interações entre ligantes e alvos moleculares, disponibilizando uma análise mais abrangente e eficiente dos resultados.
Estratégia Aprimorada de Virtual Screening
A plataforma conduz um screening virtual, explorando interações moleculares para a identificação ágil e efetiva de compostos com potencial anti-malárico.
Seleção Criteriosa de Candidatos a Fármacos
O Plasmodocking avalia rigorosamente cada ligante, utilizando uma extensa biblioteca de compostos para identificar as interações mais promissoras no combate ao Plasmodium.
Seleção e Preparação de Macromoléculas Alvo
Plasmodocking conta com um banco de dados de macromoléculas alvo previamente selecionadas, preparadas e padronizadas. Essas macromoléculas são enzimas conhecidas do Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax. Elas são utilizadas nos processos de docking contra cada ligante enviado, facilitando o processo de Virtual Screening com base no tipo de Plasmodium selecionado pelo usuário.
Padronização dos Alvos
Cada alvo selecionado passou por um processo de padronização, onde foi aplicado o redocking para validação. Este processo incluiu a preparação do receptor, estabelecimento dos parâmetros de coordenadas e tamanho da gridbox, replicando a posição original do ligante cristalizado. Foram gerados os maps de 'ligand types' e realizados testes finais de docking para salvar as informações, a serem usadas nos processos posteriores.
Alvos Plasmodium falciparum
Listagem das Macromoléculas validadas com redocking dos ligantes cristalizados ->
Listagem das Macromoléculas sem redocking de validação ->
Alvos Plasmodium vivax
Listagem das Macromoléculas validadas com redocking dos ligantes cristalizados ->
Listagem das Macromoléculas sem redocking de validação ->
Em Breve